关于汽车燃油宝的危害，是一个备受关注的话题。虽然燃油宝在一定程度上可以提高汽车燃油的利用率，但是如果浓度过大则会对车辆造成潜在的危害。
如果长期使用燃油宝的话，对发动机是有害的，如果过量使用，会增加燃烧室的积碳，如果再长期过量添加，甚至会造成发动机敲缸、爆震等情况，车辆尾气排放也会恶化。对于行驶里程在2万公里以下的新车来讲没必要加注，超过2万公里的车辆应按需添加，一般来说是每箱油一小瓶。
驾驶员的用车习惯比使用燃油宝对汽车的影响更大。比如，汽车经常在城市里慢速行驶，开开停停，容易造成发动机积碳。如果汽车常跑高速公路，不易形成积碳，就算里程超过20万公里，也不一定要用燃油宝。许多司机喜欢猛加油、猛刹车，这些不良驾驶习惯造成耗油量升高，这不是使用燃油宝能够弥补的。汽车按时保养，定期清除积碳，也可以起到用燃油宝的作用。
