作为一款高性能发动机，N55在市场上享有很高的声誉，但同时也存在一些问题，其中最突出的就是电子气门方面的故障。
宝马n55发动机其实就是在n54发动机的基础上升级而来的，自从2009年发布以来，n55发动机的产品线以及被应用宝马5系GT（F07）、X3（F25）、X1（E84）、535i（F10）、640i（F12）等多款车型上。而随着宝马B58系列发动机的推出，n55也将面临被逐步取代的境地，而这其中与宝马n55发动机本身存在一定的缺陷也有一定的关系。
1、通病1：“VAnOS螺栓”断裂
2013年的时候，搭载n55发动机的车型因发动机螺栓突然断裂，超过一百位宝马车主主动维权一事就曾闹得沸沸扬扬。据了解，螺栓断裂问题是指发动机进气凸轮轴调整装置和进气凸轮轴链轮间固定螺栓断裂的情况。它涉及搭载n55发动机的宝马各系车型。
2、通病2：: 电子气门故障
在宝马X5.X6装备n55发动机的车型中，由于某些原因，在使用过程中，发动机电脑报关于电子气门控制系统的相关故障码，如电子气门控制系统供电断路，控制马达V相断路，控制马达对地短路，对正极短路等。
3、其他故障通病
根据宝马内部的技术通告，n55发动机常见的故障通病还有有：1、偶发性熄火又没故障码；2、出现异常噪声或动力下降；3、编程后发动机无法再启动。
